La FAPOE está formada por la mayoría de las asociaciones de pacientes ostomizados que existen en España, siendo 9, las que conforman la Junta Directiva.

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- PRESIDENCIA: Asociación Balear de Crohn, Colitis Ulcerosa y Ostomizados, ABACCO, representada por Yolanda Fernández de Dios.

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- VICEPRESIDENCIA: Ostomizados de Castilla la Mancha, representada por Javier Muñoz Rubio.

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- SECRETARIA: Asociación Leonesa de Personas con Enfermedad Inflamatoria Intestinal y Ostomía, ALEIIO, representada por Patricia García Fernández.

 

- TESORERA: Asociación de Ostomizados de Valencia, AVADO, representada por María Jesús Fuertes Minguet.

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- VOCAL: Asociación de Ostomizados de Canarias, AOCAN, representada por Jorge González Benítez Dávila.
 

- VOCAL: Asociacion de Ostomizados de Córdoba, AOCOR, representada por José Rodríguez Vázquez.

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- VOCAL: Asociación de Ostomizados Cantabria, AOC, representada por Ignacio Escobedo Villa. 

- VOCAL: Asociación De Ostomizados De Bizkaia ARGIA, representada por Pedro Lopategi Egiguren.

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- VOCAL: Asociación Española de Afectados por la Poliposis Adenomatosa Familiar AEAPAF, representada por Inés Aulló Perez.​